三羧酸循环中唯一的一次底物水平磷酸化是琥珀酰辅酶A生成琥珀酸的反应，琥珀酰辅酶A的高能硫酯键断裂推动GDP的磷酸化，生成GTP。ATP既是磷酸果糖激酶-1的作用底物（低浓度时结合于酶活性中心），又是别构抑制剂（高浓度时结合于活性中心以外的别位），AMP和2，6-二磷酸果糖是磷酸果糖激酶-1的激活剂，同时别构抑制果糖双磷酸酶-1。