工程量清单与费用项目清单有着本质上的区别，主要体现在以下几个方面：
（1）工程量清单与费用项目清单在公路工程各阶段造价文件的编制中适用的阶段不同。工程量清单主要是在公路工程实施阶段使用，公路工程建设项目招投标、合同管理、计量支付、工程结算采用工程量清单方式计量计价时，其工程量清单的工程或费用以子目形式展现；而费用项目清单主要是在公路工程前期阶段即设计阶段使用，是在工程项目编制估算、概算、预算时对应编制的工程或费用的明细清单，该明细清单在不同深度的设计阶段详细程度也不同。
（2）工程量清单与费用项目清单的清单子目设置的原则不一致。工程量清单的子目结合工程设计、施工工艺、招投标和合同管理等因素设置并对应工程数量的计量和支付规则，同级子目之间的工程内容不得有包含或重叠关系，而费用项目清单是在公路设计和管理过程中以实践经验为基础拟订的工程或费用的明细清单，这个清单本身不与计量和支付规则对应，也不像工程量清单那样固定，而是可结合项目建设阶段的工作深度和管理要求灵活确定对应的费用项目清单，但工程量清单的子目也应便于与造价要素费用项目、设计工程量清单对应性连接，以适应公路工程建设管理需求和全过程造价管理需求。
（3）工程量清单与费用项目清单的清单子目数量的计算原则不同。工程量清单子目对应的工程数量是按照清单工程数量计算规则计算的，可用于计量支付的实物数量。而费用项目清单的细目仅指费用项本身。
（4）工程量清单与费用项目清单的清单子目的编码原则不一致。