选项D当选，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除。选项A不当选，拆迁补偿费作为房地产开发成本扣除。选项BC不当选，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费和预提费用不得扣除。