胰蛋白酶在刚分泌出来时是没有消化活性的，它是以酶原（即胰蛋白酶原）的形式被分泌排出当胰蛋白酶原随胰液进入十二指肠后，它受肠激酶的催化作用，被分解释放出一个六肽片段，随后它分子构象发生改变，转变为具有消化活性的胰蛋白酶，这就是胰蛋白酶（原）的激活。除了肠激酶，酸、组织液、已激活的胰蛋白酶等也能激活胰蛋白酶原，其中已经激活的胰蛋白酶继续促进胰蛋白酶原的活化，这称为胰蛋白酶的自身激活。而且被激活的胰蛋白酶还能激活糜蛋白酶原。