关于如何确定竣工验收主持单位，根据《水利工程建设项目验收管理规定》（水利部令第30号），竣工验收主持单位应当在工程开工报告的批准文件中明确。而根据《水利部关于废止和修改部分规章的决定》（水利部令第46号），修改为“竣工验收主持单位应当在工程初步设计的批准文件中明确”。故本题应选B。