尼氏小体被甲苯胺蓝染成深蓝色，因为它对甲苯胺蓝这种碱性染料有较强的亲和力，能很好地结合染料。
细胞核中的染色质主要是脱氧核糖核酸（DNA），在这种染色方法下呈淡蓝色。这是因为 DNA 对甲苯胺蓝的亲和力相对较弱，所以染色较浅。
背景一般是无色的，因为没有被染色的其他部分在显微镜下观察时基本没有颜色，这样可以很好地衬托出尼氏小体和细胞核的颜色，便于观察神经细胞的结构。