蛋白质的二级结构指多肽主链原子的局部空间排列，不涉及侧链基团的构象。形成二级结构的基础是肽单元。二级结构的基本形式包括α-螺旋（肽链中肽单元通过α-碳原子的相对旋转延长轴方向按规律盘绕形成的一种紧密螺旋盘曲构象）、β-折叠（多肽主链局部一种比较伸展的呈锯齿状的结构）、β-转角（肽链主链出现180°的回折）和无规卷曲（肽链主链中无确定规律性的构象）四种。