职能制的不足是：①多头领导，政出多门，不利于集中领导和统一指挥，造成管理混乱，令下属无所适从；②直线人员和职能部门责权不清，彼此之间易产生意见分歧，互相争名夺利，争功诿过，难以协调，最终必然导致功过不明，赏罚不公，责权、利不能很好的统一起来；③机构复杂，增加管理费用，加重企业负担；④过分强调专业分工，使职能人员知识面和经验较狭窄，不利于培养全面型的管理人才。这种组织形式决策慢，不够灵活，难以适应环境的变化。