临床上可根据角膜植物损伤后的感染史，结合角膜病灶的特征作出初步诊断，但是只有实验室检查找到真菌和菌丝可以确诊。常用快速诊断方法有角膜刮片Gram和Giemsa染色、10%～20%氢氧化钾湿片法、乳酚棉兰(LPCB)染色、乌洛托品银染色、荧光钙白染色、PAS染色等。真菌培养可使用血琼脂培养基、巧克力培养基、马铃薯葡萄糖琼脂培养基和Sabouraud培养基，30～37℃培养3～4天即可见真菌生长，应培养4～6周。角膜刮片及培养均为阴性，而临床又高度怀疑者，可考虑做角膜组织活检。角膜共焦显微镜作为基于光学检测原理的检查手段，可在疾病早期阶段直接发现病灶内的真菌菌丝，帮助进行诊断以及对治疗效果的评价，属于可重复进行的无创性检查技术，因此本题的正确答案是E。