革兰染色的原理是：①革兰阳性菌等电点在pH2～3，比阴性菌(pH4～5)为低。因此阳性菌和碱性染料的结合力比阴性菌强。②革兰阳性菌含有核糖核酸镁盐，易与结晶紫-碘复合物结合而不易脱色。③革兰阳性菌细胞壁及细胞膜的通透性较低。因此，染料和碘的复合物不易为乙醇所溶出。所以阳性菌仍保持原来的紫色，而阴性菌染成的紫色可被酒精脱掉后复染成红色。