下丘脑自前至后分为视前区、视上区、结节区和乳头体区，各区又以穹隆柱为标志，分内侧部和外侧部。视前区位于终板与前连合和视交叉连线之间，核团有视前核。视上区位于视交又上方，核团有视上核、室旁核和下丘脑前核。结节区位于漏斗上方，核团有漏斗核腹内侧核和背内侧核。乳头体区包括乳头体及其背侧灰质，核团有乳头体核和下丘脑后核。蓝斑核位于菱形窝界沟的上端，三叉神经中脑核的腹外侧，属于脑桥上部。