扁桃体是个重要的免疫器官。受抗原刺激后T淋巴细胞成为效应淋巴细胞，参与细胞免疫；B细胞变成浆母细胞，产生浆细胞和免疫球蛋白参与体液免疫。扁桃体产生的IgA免疫力强，可抑制细菌对呼吸道黏膜的黏附、生长和扩散，对病毒有中和与抑制扩散作用；IgA还可通过补体的活化，增强吞噬细胞功能。2～5岁小儿这些作用最为活跃。从免疫观点来看，绝不应在小儿免疫未充分形成之前将扁桃体切除。小儿扁桃体肥大，常是生理现象，是免疫活动正在增长的表现，也可能是变态反应的表现。小儿扁桃体肥大未影响呼吸或吞咽者，不应行扁桃体摘除术。若扁桃体成为病灶损害机体，可行手术切除。