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细菌性肝脓肿病原菌多为大肠杆菌、厌氧菌、金黄色葡萄球菌等。细菌主要从肠道经胆道上行感染，如胆石症、胆道蛔虫病并发化脓性胆管炎而侵入肝脏，其他有全身化脓性感染经肝动脉 肠道细菌经门静脉侵入肝脏，或由肝开放性损伤引起。细菌性肝脓肿以多房性脓肿居多，金葡菌感染的脓肿壁较厚。