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百日咳鲍特菌为革兰阴性小杆菌，无芽孢，有荚膜，专性需氧，最适生长温度为35～37℃，O抗原为鲍特菌属所共有，K抗原由多种凝集因子组成，其中因子7为百日咳鲍特菌、副百日咳鲍特菌和支气管炎鲍特菌所共有。本菌抵抗力较弱，但在低温0～10℃能生存，对紫外线敏感，光照60分钟可死亡。