2011年9月，A研究所根据人才培养和事业发展需要，选派张某到B大学工程学院进修博士学位。为此，双方订立了学习培训服务期协议，并约定学习期间由研究所发放张某的工资，报销寒暑假回单位的往返车船费，张某可享受在职人员同等福利待遇；张某取得学位证书后报销其进修费用，张某毕业后，其学位证书交由研究所代管，并在研究所服务满10年（之前劳动合同中约定服务期自2011年7月1日至2021年6月30日）；服务期未满，张某若调离研究所，则应向研究所赔偿进修费，进修期间工资、奖金和其他费用及利息，另按每未满一年服务期向研究所支付10000元违约金。2014年7月，张某如期毕业，如约回到研究所工作，研究所共向张某支付了学习培训费用、差旅费等合计82786元。
2015年，研究所进行改制，组建成立设计院。2015年12月31日，张某同研究所签订了解除劳动合同协议书，该协议书规定；张某应得39375元解除劳动合同补偿金，全部转为新改制后设计院的资本金，张某在原研究所的劳动权利义务由设计院承续。张某仍在改制后的设计院工作，但未再签订劳动合同。
2016年3月31日，张某向该设计院请事假，从此离岗并到另外一家研究机构工作。2016年9月30日，该设计院人事部书面通知张某，由于其擅自脱离工作岗位累计达183天，设计院决定对张某予以除名，同时要求张某全面履行与原研究所签订的培训服务期协议，承担违约责任，偿还其培训费用等82786元，并依约定支付违约金。对此，张某不服，到当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求被申请人即该设计院撤销上述支付违约金的决定。

请依据我国劳动法律法规，对本案做出全面评析。