C

本题结合税收优惠考查城镇土地使用税的计算。选项C当选，直接用于农、林、牧、渔业的生产用地，免税；农副产品加工厂占地和生活、办公用地应照章征收城镇土地使用税。该企业种植果树的5 500平方米土地可以免征，其余用地应照章征税。故该企业2023年度应缴纳的城镇土地使用税=（2 500+2 000）×2÷10 000=0.9（万元）。选项A不当选，未考虑直接用于农、林、牧、渔业的生产用地免税的规定。选项B不当选，误按果树占地作为计税依据计算应纳税额。选项D不当选，误认为农副产品加工厂用地免税。
提示：由题干可知税率单位是“元”，选项是“万元”，做题时要留意单位换算。