C

本题考查“借款合同”印花税的计算。
选项C当选，具体计算过程如下：
（1）借款合同，指银行业金融机构、经批准设立的其他金融机构与借款人（不包括同业拆借）的借款合同，不包括企业与企业之间签订的借款合同。故甲企业向乙企业借款100万元无须缴纳印花税。
（2）企业与银行签订的流动资金周转性借款合同，应以合同规定的最高限额为计税依据一次性纳税，在限额内随借随还不签订新合同的，不再缴纳。虽签订合同但未实际发生借款的，也需要按照限额纳税。
综上，甲企业与向商业银行签订的借款合同应纳税额=5 000×0.05‰×10 000=2 500（元）。
选项A不当选，误认为与商业银行签订的流动资金周转性借款合同因未实际发生借款业务，无须缴纳印花税。
选项B不当选，误认为与商业银行签订的借款合同无须缴纳印花税，与乙公司借款合同按照0.05‰税率计算缴纳印花税。
选项D不当选，误认为与乙公司签订的借款合同需要计算缴纳印花税。