D

公路工程设计变更分为重大设计变更、较大设计变更和一般设计变更。故选项A错误。
经批准的设计变更一般不得再次变更。故选项B错误。
公路工程勘察设计、施工及监理等单位可以向项目法人提出公路工程设计变更的建议。项目法人也可以直接提出公路工程设计变更的建议。故选项C错误。
施工单位不按照批准的设计变更文件施工的，交通运输主管部门责令改正；造成建设工程质量不符合规定的质量标准的，负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。故选项D正确。