肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且会逐渐加重，很多患者说会吃不下，睡不着。只有在脓肿自行溃破后，疼痛才会暂时有所缓解。

低位脓肿都会出现剧烈的肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。而直肠周围的脓肿（高位）就不一定会疼痛。因为直肠周围属于盆腔，这里分布的植物神经对普通刺激不敏感，最主要的表现是局部坠胀和便意感。

肛周脓肿的另一症状是发热，最高能超过40°。一般来说，脓腔越大越深，发热的概率就大。部分患者还会出现大小便不畅、纳差、失眠。