食品菌相：将共存于食品中的细菌种类及其相对数量的构成称为食品的细菌菌相。其中相对数量较多的细菌称为优势菌。食品在细菌作用下发生变化的程度与特征主要取决于细菌菌相，特别是优势菌。食品的细菌菌相可因污染细菌来源、食品本身理化特性、所处环境条件和细菌之间的共生与抗生关系等因素的影响而表现不同。通过食品的理化性质及其所处的环境条件往往可预测污染食品的菌相。如常温下放置的肉类，早期常以需氧的芽胞杆菌、微球菌和假单胞菌污染为主;随着腐败进程的发展，肠杆菌会逐渐增多;中后期变形杆菌又会占有较大的比例。